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N-[(3-ヒドロキシ-2-ピリジル)カルボニル]シクロ[L-Thr*-D-Abu-L-Pro-N-メチル-L-Phe-4-オキソ-L-Pip-L-フェニルGly-]

Virginiamycin S1

HCID 5388936
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基本情報概要名称と識別子物性安全と法規制化学と産業関連反応化合物ノート
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基本情報

CAS
23152-29-6
標準SMILES
CC[C@H]1NC(=O)[C@@H](NC(=O)c2ncccc2O)[C@@H](C)OC(=O)[C@H](c2ccccc2)NC(=O)[C@@H]2CC(=O)CCN2C(=O)[C@H](Cc2ccccc2)N(C)C(=O)[C@@H]2CCCN2C1=O
InChIKey
FEPMHVLSLDOMQC-IYPFLVAKSA-N
分子式
C43H49N7O10
平均分子量
823.9 g/mol
単同位体質量
823.35409079

概要

Virginiamycin S1 is a cyclodepsipeptide that is N-(3-hydroxypicolinoyl)-L-threonyl-D-alpha-aminobutyryl-L-prolyl-N-methyl-L-phenylalanyl-4-oxo-L-pipecoloyl-L-2-phenylglycine in which the carboxy group of the 2-phenylglycine moiety has undergone formal intramolecular condensation with the hydroxy group of the N-(3-hydroxypicolinoyl)-L-threonyl to give the corresponding 19-membered ring lactone. It is one of the two major components of the antibacterial drug virginiamycin, produced by Streptomyces virginiae, S. loidensis, S. mitakaensis, S. pristina-spiralis, S. ostreogriseus, and others. It has a role as an antibacterial drug and a bacterial metabolite. It is a macrolide antibiotic and a cyclodepsipeptide.

名称と識別子

優先名称
Virginiamycin S1
IUPAC
N-[(3S,6S,12R,15S,16R,19S,22S)-3-benzyl-12-ethyl-4,16-dimethyl-2,5,11,14,18,21,24-heptaoxo-19-phenyl-17-oxa-1,4,10,13,20-pentazatricyclo[20.4.0.06,10]hexacosan-15-yl]-3-hydroxypyridine-2-carboxamide
現地名
N-[(3-ヒドロキシ-2-ピリジル)カルボニル]シクロ[L-Thr*-D-Abu-L-Pro-N-メチル-L-Phe-4-オキソ-L-Pip-L-フェニルGly-]
英語名
Virginiamycin S1
分子式
C43H49N7O10
分子量
823.89

名称と別名

Virginiamycin S123152-29-6Staphylomycin SStaphylomycin S1Virginiamycin factor SVirginiamycin factor S1DTXSID0046856J91D5GN5ATCHEBI:46416DTXCID501021676NSC-177858N-[(3S,6S,12R,15S,16R,19S,22S)-3-benzyl-12-ethyl-4,16-dimethyl-2,5,11,14,18,21,24-heptaoxo-19-phenyl-17-oxa-1,4,10,13,20-pentazatricyclo[20.4.0.06,10]hexacosan-15-yl]-3-hydroxypyridine-2-carboxamide
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バージニアマイシンS1スタフィロマイシンS1ファクターSN-[(3-ヒドロキシ-2-ピリジニル)カルボニル]シクロ[L-Thr*-D-Abu-L-Pro-N-メチル-L-Phe-4-オキソ-L-ピペコロイル-L-フェニルGly-]ファクターS【抗生物質】N-[(3-ヒドロキシ-2-ピリジル)カルボニル]シクロ[L-Thr*-D-Abu-L-Pro-N-メチル-L-Phe-4-オキソ-L-Pip-L-フェニルGly-]抗生物質1754Z3BスタフィロマイシンSN-[(3-ヒドロキシ-2-ピリジル)カルボニル]シクロ(L-Thr*-D-Abu-L-Pro-N-メチル-L-Phe-4-オキソ-L-2-ピペリジンカルボニル-L-フェニルGly-)バージニアマイシンSN-[(3S,6S,12R,15S,16R,19S,22S)-3-ベンジル-12-エチル-4,16-ジメチル-2,5,11,14,18,21,24-ヘプタオキソ-19-フェニル-17-オキサ-1,4,10,13,20-ペンタアザトリシクロ[20.4.0.06,10]ヘキサコサン-15-イル]-3-ヒドロキシピリジン-2-カルボキサミド

物性

構造計算による物性

XLogP
2.7
極性表面積
225 Ų
水素結合供与体数
4
水素結合受容体数
11
回転可能結合数
6
重原子数
60
形式電荷
0
複雑度
1,620

実験および物理化学的性質

Drugs · 2 件

Pharmaceuticals -> Antibiotics

Pharmaceuticals -> Listed in ZINC15

Animal DrugsPharmaceuticals -> Animal Drugs -> Approved in Taiwan

物理化学的性質

融点
240 · 240-242°
比旋光度
20 · D20 -28° (c = 1 in ethanol)
貯蔵温度
-20 °C · -20°C
溶解性
5 mg/mL · メタノール:可溶5mg/mL
外見
粉
色
白い

安全と法規制

安全情報は参考情報です。供給元の安全データシート(SDS)、適用法令、専門家による評価に代わるものではありません。

GHS分類

GHS ClassificationNot Classified

危険有害性情報

Hazard Classes and CategoriesNot Classified

安全データ

wgk
3
hs_code
2941900000

化学と産業

用途と製造

Use ClassificationPharmaceuticals -> Animal Drugs -> Approved in Taiwan
応用分野 · 1 件

使用Virginiamycin complex is defined as a mixture of 75% ostreogrycin A (virginamycin M1) and 25% virginiamycin S1, together with the less abundant S analogues. As the two major components have quite different solubilities, these proportions are not readily achieved or used. BioAustralis has isolated and re-combined the individual components to provide the defined components of virginiamycin complex. The composition of the complex is important as Virginiamycin S1 acts a synergist, binding to the conformational change of the peptidyl transferase centre of the 50S ribosome induced by ostreogrycin A.

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VirginiaMycin coMplex
Antibiotic 899
Virginiamycin S?
Verginiamycin S1
Antibiotic 899, Staphylomycin S
Virginiamycin S1 in Acetonitrile
Virginiamycin S1 100 μg/mL in Acetonitrile
N-((3S,6S,12R,15S,16R,19S,22S)-3-benzyl-12-ethyl-4,16-dimethyl-2,5,11,14,18,21,24-heptaoxo-19-phenyl-17-oxa-1,4,10,13,20-pentazatricyclo(20.4.0.06,10)hexacosan-15-yl)-3-hydroxypyridine-2-carboxamideRefChem:194440245-462-6ANTIBIOTIC 1754Z3BNSC177858N-((3-Hydroxy-2-pyridinyl)carbonyl)-L-threonyl-D-alpha-aminobutyryl-L-prolyl-N-methyl-L-phenylalanyl-4-oxo-L-pipecoloyl-L-2-phenylglycine rho-lactoneN-(3-Hydroxypicolinoyl)-L-threonyl-D-alpha-aminobutyryl-L-prolyl-N-methyl-L-phenylalanyl-4-oxo-L-pipecoloyl-L-2-phenylglycine rho-lactoneN-[(6R,9S,10R,13S,15AS,22S,24AS)-22-BENZYL-6-ETHYL-10,23-DIMETHYL-5,8,12,15,17,21,24-HEPTAOXO-13-PHENYLDOCOSAHYDRO-12H-PYRIDO[2,1-F]PYRROLO[2,1-L][1,4,7,10,13,16]OXAPENTAAZACYCLONONADECIN-9-YL]-3-HYDROXYPYRIDINE-2-CARBOXAMIDE

データベース識別子

CAS
23152-29-6
PubChem CID
5388936
DTXSID
DTXSID0046856
ChEMBL
CHEMBL1236684
ChEBI
CHEBI:46416
UNII
J91D5GN5AT
EC Number
245-462-6
Nikkaji
J142.359B