合同专用条款是招标投标的重要内容。施工招标文件中载明的合同主要条件是双方签合同的依据，一般不允许更改。招标文件中的合同条款是招标人单方面订立的，强迫投标人同意了，才能参加投标，即由要约人（投标人或合同中的承包人）向受要约人（招标人或合同中的发包人）发出要约，而一旦选定中标人，招标文件里的合同条件就成为受要约人的“承诺”，具有了法律约束力。
工程施工招标不像其他项目招标，它在招标文件中由招标人制定和载明的合同专用条件，常规上一般不允许偏差，如果投标人在投标时不同意合同条款，中标的可能性基本为零（中标后合同签订时的变更除外）。合同条件中比较重要的内容有：
编制招标文件合同部分时，一般都会比较注意通用条款、专用条款、协议书、保修书、安全承诺、履约保函等合同文件，而往往忽视了构成合同文件的其他内容，从而忽略了其合同文件的解释优先顺序，直至真的发生合同争议，才发现解释顺序很重要。《标准文件》在通用合同总则中将优先顺序载明了，也是不能更改的。
发包人和承包人的义务：发包人和承包人还应在专用合同条件中详细规定双方义务。例如：施工前的现场条件中应由发包人承担的部分：水、电接口；道路开通时间；地下管线资料；水准点与座标控制点交验等。承包人承担的部分：钻空和勘探性开挖；邻近建筑物、构筑物、文物安全保护；交通、环卫、噪音的管理；转包和分包的情况；材料的保管使用；完工清理等。还有双方共同承担的内容：双方风险损失；保险；专利；临时设施等。应按照国家相关要求和建筑行业的行规认真编制。
工期延误应分清发包人原因的延误及责任，还是承包人的原因及责任。通用条款对工期延误条件已经在《标准文件》合同中规定，专用条款中还需载明发包方原因造成的工期后的，承包人有权要求延长工期天数，和/或增加的费用，并由发包人应支付的合理利润；承包方原因造成的工期延误，逾期竣工的违约金计算方法。通用条款中注明支付违约金也不能免除承包人完成工程及修补缺陷的义务。
验收方法和标准：验收执行国家标准和/或各行业部颁标准，应载明验收时段和方法。此外，质量、安全、环保、节能方面规范是国家大环境的要求，应在合同中单独签订，或要求投标人在投标文件中递交书面承诺。
计量与支付是招标投标各方比较注意的内容，与招标文件中载明的报价方式密切相关，对投标人的报价有着极其重要的影响，而且在专用条件中需提前约定的内容比较多。其中需注意：
工程预付款的支付方式、数额（一般按工程合同总价款的比例）、抵扣方式；
保修金的比例和支付时间、方式；其他应在专用合同条件中确定的条件。
竣工结算、最终结清除专用合同条款约定期限外，其他按照通用条款执行。投标人购买招标文件时一般都会问：工程款如何支付？从而了解工程建设资金情况，所以合同的这一部分一定要写清楚。
材料、设备的供应：房企负责供应的材料、工程设备应在专用合同条款中写明名称、规格、数量、单价和总价以及材料差价、供货时间、供货方式、送达地点等，并约定运输费用、保管费用和验收，分清责任。
其中，甲方供料、供材、供设备应做表格附在合同专用条款后面，表述清楚。如设备由甲方提供，其安装工作责任就要明确，安装工作由谁来做，总包服务费如何计入等。
违约索赔应包括：各种原因造成的工期延误；使用不合格材料、设备造成工程拆除；缺陷修复；发包人工程款的延误支付；双方原因造成的违约终止或而后复工造成的费用等。违约索赔应分清发包人、承包人双方责任，不能只规定承包人而免去发包人的责任。赔付条款应在专用条款中写明具体额度、扣除方式和顺延工期天数等内容。
此外，合同专用条款还有设计变更的特殊约定、保函的提交时间和额度、保险、争议解决方式、验收和结算、安全施工、质量保证、环保节能、施工组织设计、图纸等等。
